首先，从学科定位来看，经济学院的财政系主要研究的是国家财政政策、公共财政管理以及政府与市场的关系等宏观层面的问题。该系注重培养学生的宏观经济分析能力，强调理论与实践相结合，为政府和非营利组织提供决策支持。财政系的研究领域涵盖了税收制度、预算管理、社会保障体系等多个方面，其课程设置也更倾向于经济学基础理论的学习。

相比之下，管理学院的财务系则更加专注于企业财务管理的实际操作。财务系的学生将学习如何进行企业内部的资金运作、投资决策以及风险管理等内容。这个系别更加强调实用技能的掌握，比如会计核算、财务报表分析、资本运营等。因此，管理学院财务系的毕业生往往更适合进入企业或金融机构工作。

其次，在师资力量上，两个系都有各自的优势。经济学院财政系拥有一批在公共财政理论研究领域享有盛誉的教授；而管理学院财务系则聚集了一批具有丰富实践经验的企业财务管理专家。这种差异使得两者的教学风格有所不同——经济学院更偏向于学术探讨，而管理学院则更注重案例教学和实战演练。

此外，就业前景也是两者之间的重要区别之一。由于财政系侧重于公共服务领域的研究，所以其毕业生大多会从事公务员、事业单位职员或者是国际组织工作人员等工作；而财务系毕业生则更多地流向了银行、证券公司、会计师事务所等盈利性机构。

最后值得一提的是，尽管两者都属于财经类专业，但它们对于数学和统计学的要求却并不相同。财政系可能需要学生具备较强的定量分析能力来处理复杂的经济模型，而财务系则更看重逻辑推理能力和数据解读技巧。

综上所述，厦门大学研究生院内的这两个系虽同属财经范畴，但在专业方向、培养目标、就业去向等方面存在显著差异。选择哪个系作为深造方向，取决于个人的兴趣爱好及未来职业规划。希望上述信息能帮助你更好地理解这两者之间的区别，并做出明智的选择。